ИЗМЕНЕНИЕ КОЛИЧЕСТВА КОПИЙ ГЕНОВ ПРИ МАЛИГНИЗАЦИИ ТКАНЕЙ ЛЕГКОГО
В настоящее время проблема ранней диагностики рака легкого остается нерешенной, а применяемые на современном этапе молекулярные маркеры не в полной мере удовлетворяют требованиям клиницистов-онкологов.
Исследование копийности генов может расширить наши представления о молекулярных механизмах, лежащих в основе малигнизации тканей легкого, и обеспечить данными, необходимыми для формирования панели новых высокоспецифичных онкомаркеров. Поэтому целью нашего исследования стало изучение изменений относительной копийности генов, ответственных за регуляцию апоптоза (BAX, BCL2, C-FLAR, P53, BFAR), пролиферацию (SOX2, OCT4, NANOG, PIK3 и MKI67), рецепцию эпидермального фактора роста (EGFR), окислительное фосфорилирование (HV2) и ответ на гипоксию (HIF1A1), для выявления высокоспецифичных онкомаркеров.
Материал и методы. Клиническим материалом для исследования послужили срезы тканей из FFPE-блоков 20 пациентов Юга России с гистологически подтвержденной ацинарной аденокарциномой легкого (G3). Срезы толщиной 3 мкм фиксировались на предметных стеклах, подвергались депарафинизации (о-ксилолом) и окрашивались гематоксилином-эозином. Из окрашенных препаратов с помощью лазерной микродиссекции (Palm MicroBeam, Carl Zeiss, Германия) выделялись опухолевые и нормальные клетки, из которых фенол-хлороформным методом проводилась экстракция ДНК. Определение относительной копийности 13 генетических локусов (BAX, HIF1A, OCT4, SOX2, BCL2, CFLAR, NANOG, P53, HV2, BFAR,
EGFR, PIK3 и MKI67) проводили методом RT-qPCR на термоциклере Bio-Rad CFX96 (Bio-Rad, США). Дизайн праймеров был осуществлен с использованием программного обеспечения GenBank NCBI/Primer-BLAST.
В настоящее время проблема ранней диагностики рака легкого остается нерешенной, а применяемые на современном этапе молекулярные маркеры не в полной мере удовлетворяют требованиям клиницистов-онкологов.
Исследование копийности генов может расширить наши представления о молекулярных механизмах, лежащих в основе малигнизации тканей легкого, и обеспечить данными, необходимыми для формирования панели новых высокоспецифичных онкомаркеров. Поэтому целью нашего исследования стало изучение изменений относительной копийности генов, ответственных за регуляцию апоптоза (BAX, BCL2, C-FLAR, P53, BFAR), пролиферацию (SOX2, OCT4, NANOG, PIK3 и MKI67), рецепцию эпидермального фактора роста (EGFR), окислительное фосфорилирование (HV2) и ответ на гипоксию (HIF1A1), для выявления высокоспецифичных онкомаркеров.
Материал и методы. Клиническим материалом для исследования послужили срезы тканей из FFPE-блоков 20 пациентов Юга России с гистологически подтвержденной ацинарной аденокарциномой легкого (G3). Срезы толщиной 3 мкм фиксировались на предметных стеклах, подвергались депарафинизации (о-ксилолом) и окрашивались гематоксилином-эозином. Из окрашенных препаратов с помощью лазерной микродиссекции (Palm MicroBeam, Carl Zeiss, Германия) выделялись опухолевые и нормальные клетки, из которых фенол-хлороформным методом проводилась экстракция ДНК. Определение относительной копийности 13 генетических локусов (BAX, HIF1A, OCT4, SOX2, BCL2, CFLAR, NANOG, P53, HV2, BFAR,
EGFR, PIK3 и MKI67) проводили методом RT-qPCR на термоциклере Bio-Rad CFX96 (Bio-Rad, США). Дизайн праймеров был осуществлен с использованием программного обеспечения GenBank NCBI/Primer-BLAST.
